大隅国大隅郡垂水中俣・海潟（垂水市）の領主に石井氏があった。石井氏は相模の豪族で源頼朝をたすけ、鎌倉幕府の創立に尽力した三浦義明の子孫である。三浦氏は宝治元年（1247年）に法華堂にて一族のほとんどである五百余人が自害して滅亡したが（宝治合戦）、三浦員村（自害）の次男盛明は無事であり、その子義継は相州三浦郡石井庄（現在の神奈川県横須賀市平作町に小字石井がある）に居城し石井と号した。石井氏は宝治合戦を生き延びた三浦氏の一族であるが、建久3年（1292年）、大隅守護職は千葉氏から北条氏に代わっていることから、北条氏の御内人となり垂水地頭として赴任してきたものと考えられる。
鎌倉時代末期（1330年頃）、義継の子石井重義が下大隅に下向。垂水城を再興し、石井氏を名乗りここを居城とした。
南北朝時代は北朝に属し、貞和5年（1349年）石井中務丞重信（重義の子）を南朝の肝付兼重が攻めたが、石井氏は救援を鹿児島の島津氏5代当主貞久に求めた。貞久は比志島範平、伊地知季随を遣わし救出している。この合戦で重信の弟次郎が戦死。
文和4年/正平10年（1355年）、肥後種顕、種久兄弟が畠山直顕を崎山城に入れて謀反したが、石井氏は貞久の4男で島津氏6代当主氏久に味方しこれを退けている。
永和3年/天授3年（1377年）、九州探題今川了俊の5男満範が南九州の国人63人をまとめ大軍で都之城に 攻め寄せてきた。島津氏久はこれを迎え大激戦となった。石井氏も島津方の武将として出陣。この戦で肥後兄弟が戦死したが、この報を聞くや石井某は前日の戦 で負傷し病床にあったが「吾は肥後兄弟とは生死の契りを結んでいた。吾独り生きているのに忍びない」と言いながら傷をえぐって死んだという。このことから 崎山城の合戦以来、肥後氏は氏久に従うようになり、石井氏と同盟関係にあったと考えられる。
石井中務少輔義忠入道旅世の頃が石井氏が最も盛んな時代で、諸家大概によると島津氏9代忠国、10代立久、11代忠昌、12代忠治4代の家老を務めたとなっている。5代元義（忠義）の後継者である義仍（中務少輔義忠）が島津氏9代忠国の晩年の頃に家老職となり、10代立久、11代忠昌、12代忠治の代まで務め、13代忠隆、14代勝久の代に家老職にあったのは、義治であったろうと推定される。
三国名勝図会第四十四巻十七に「諏訪大明神上社神体の背に文明十年（1478年）石井源左衛門義仍寄進の旨を記す、義仍は大岳公（島津忠国）の国老なり」と記述されている。同神社の文明三年（1473年）三月の棟札には大願主頭領　石井源左衛門　平義仍　奉為武久公修造云々とあり、長享三年（1489年）の棟札には、大檀那　平義仍と記されている。義仍に関しては、今宮神社にも明応二年（1493年）の棟札が残っており、「大檀那　平朝臣義仍並大願主平義諸以下」とあり、「義仍は石井氏也」と注が入っている。
石井家は仏教に帰依しており、元義（後に忠義と改める。官位は丹後守）は永享十年(1438年)福昌寺造営の際、馬一疋、青銅百疋奉加。垂水市中俣の市指定史跡岩屋観音堂^[1]は、石井氏七代までの菩提寺とされ多数の石塔があるが、堂内の釈迦像に文正2年（1465年）平義忠^[2]、阿弥陀像に明応6年（1496年）平義直^[3]と書付あり、いずれも石井氏の造立とされる。9代義辰は垂水海潟井之上に松岳寺を開いた。
大永6年（1526年）、太守島津勝久、下之城主伊地知重貞（伊地知重武の誤りと考えられる）、田上城主梶原昌豊をして石井を攻略、垂水城陥落と旧記にあり。当時、石井氏は島津実久方（薩州家）に属していたので、勝久方の伊地知氏に攻められ、約200年間城主であった垂水城を去り、海潟に移住した。
おそらく、天文年 間末期（1550年代）と推定されるが、9代石見守義辰が殺害され石井氏は滅亡した。石見守最後の記録は旧記に「中古海潟井之上の上元屋敷に居す。或時い かなる故かしらず馬上にて馳せ行き、小浜塩木山に於て害に逢う。寺山比良に葬る。石塔あり、法名松岳玄等大居士」とある。
その後、石井氏の子孫は一部は大隅に残り、一部は島津氏に仕え鹿児島等薩摩半島や日向国佐土原に移住した。

桓武天皇─葛原親王─高見王─高望王（平姓）─良文─忠通─為通（三浦姓）─為継─義継─義明─義澄─義村― 朝村─員村─盛明─義継（石井太郎）─1.重義（大隅下向）─2.重信─3.久義─4.孝義─5.元義─6.重義─7.義春─8.義定─9.義辰─10. 義高─11.義泰（鹿児島移住）─12.義知─13.義家─14.義教─15.元明……才援─元亭（医師）─元信（教育家）

• 佐土原流
  • 義次（佐土原島津家初代以久に随従して佐土原に移住）─義辰─義真─義知─義見・・・・義次─平三─隼太
• 七郎兵衛流
  • 石井七郎兵衛（石井石見守の支族で兵道家^[4]）─源六左衛門─八郎四郎─十右衛門─助八─十助─助八