宮村宮と天満宮の創祀は、信濃国守護・国司であった小笠原氏の信仰と深く関わります。

社伝によると、宮村宮（宮村大明神）が信濃国府中の井川城に居館した小笠原貞宗公により、その丑寅（北東）にあたる、長沢川の北端、捧荘庄内郷宮村の地に、諏訪明神の霊夢を受けて南面に社殿が造営され、祀られたのは南北朝時代初め暦応2年（1339）9月9日でした。
その後、永正元年（1504）小笠原氏は、深志城（のちの松本城）を築いて移るに及んで産土神と崇敬し、社殿を西面に直し、城の巽（南西）の鎮護神とされました。
一方、天満宮は、小笠原貞基公が応永9年（1402）、居館である井川館近くの鎌田の地に京都・北野天満宮より勧請されていましたが、のち江戸時代 の慶長19年（1614）6月25日（菅公の御誕生日）、後裔である小笠原秀政公が、宮村明神の北側にさらに勧請され、並び祀られました。

そののち、両宮は「宮村両社・宮村大明神・宮村神社・宮村天満宮・深志天神」などと称され、お城と城下町の鎮護の神社として歴代城主により篤く敬わ れました。そして正式な社名を、天保12年（1841）に京都・神祇道管領長上吉田家の認可を受け、「深志神社」と定めました。
社格は明治5年に郷社、昭和3年には御大典記念昇格により県社に列格しました。また昭和41年には神社本庁別表神社に加列しました。
 

［出典］

http://www.fukashi-tenjin.or.jp/about/